為實現(xiàn)海峽兩岸海上客貨直接運輸，促進(jìn)經(jīng)貿(mào)交流，便利人民往來，海峽兩岸關(guān)系協(xié)會與財團(tuán)法人海峽交流基金會就兩岸海運直航事宜，經(jīng)平等協(xié)商，達(dá)成協(xié)議如下：
一、經(jīng)營資格
雙方同意兩岸資本并在兩岸登記的船舶，經(jīng)許可得從事兩岸間客貨直接運輸。
二、直航港口
雙方同意依市場需求等因素，相互開放主要對外開放港口。
三、船舶識別
雙方同意兩岸登記船舶自進(jìn)入對方港口至出港期間，船舶懸掛公司旗，船艉及主桅暫不掛旗。
四、港口服務(wù)
雙方同意在兩岸貨物、旅客通關(guān)入境等口岸管理方面提供便利。
五、運力安排
雙方按照平等參與、有序競爭原則，根據(jù)市場需求，合理安排運力。
六、稅收互免
雙方同意對航運公司參與兩岸船舶運輸在對方取得的運輸收入，相互免征營業(yè)稅及所得稅。
七、海難救助
雙方積極推動海上搜救、打撈機(jī)構(gòu)的合作，建立搜救聯(lián)系合作機(jī)制，共同保障海上航行和人身、財產(chǎn)、環(huán)境安全。發(fā)生海難事故，雙方應(yīng)及時通報，并按照就近、就便原則及時實施救助。
八、輔助事項
雙方在船舶通信導(dǎo)航、證照查驗、船舶檢驗、船員服務(wù)、航海保障、污染防治及海事糾紛調(diào)處等方面，依航運慣例、有關(guān)規(guī)范處理，并加強(qiáng)合作。
九、互設(shè)機(jī)構(gòu)
雙方航運公司可在對方設(shè)立辦事機(jī)構(gòu)及營業(yè)性機(jī)構(gòu)，開展相關(guān)業(yè)務(wù)。
十、聯(lián)系主體
（一）本協(xié)議議定事項，由海峽兩岸航運交流協(xié)會與臺灣海峽兩岸航運協(xié)會聯(lián)系實施。必要時，經(jīng)雙方同意得指定其他單位進(jìn)行聯(lián)系。
（二）本協(xié)議其他相關(guān)事宜，由海峽兩岸關(guān)系協(xié)會與財團(tuán)法人海峽交流基金會聯(lián)系。
十一、協(xié)議履行及變更
（一）雙方應(yīng)遵守協(xié)議。協(xié)議附件與本協(xié)議具有同等效力。
（二）協(xié)議變更，應(yīng)經(jīng)雙方協(xié)商同意，并以書面方式確認(rèn)。
十二、爭議解決
因適用本協(xié)議所生爭議，雙方應(yīng)盡速協(xié)商解決。
十三、未盡事宜
本協(xié)議如有未盡事宜，雙方得以適當(dāng)方式另行商定。
十四、簽署生效
本協(xié)議自雙方簽署之日起四十日內(nèi)生效。
本協(xié)議于十一月四日簽署，一式四份，雙方各執(zhí)兩份。
附件：海峽兩岸直航船舶、港口安排
海峽兩岸關(guān)系協(xié)會 財團(tuán)法人海峽交流基金會
會長 陳云林 董事長 江丙坤
附件：海峽兩岸直航船舶、港口安排
依據(jù)本協(xié)議第一條、第二條，議定具體安排如下：
一、兩岸資本并在香港登記的船舶比照直航船舶從事兩岸間海上直接運輸，在進(jìn)出兩岸港口期間，其船舶識別方式比照《港臺海運商談紀(jì)要》有關(guān)香港船舶的規(guī)定。
二、目前已經(jīng)從事兩岸試點直航（境外航運中心）運輸、兩岸三地集裝箱（貨柜）班輪運輸、砂石運輸?shù)膬砂顿Y本權(quán)宜船，經(jīng)特別許可，可按照本協(xié)議有關(guān)船舶識別等規(guī)定，從事兩岸間海上直接運輸。
三、雙方現(xiàn)階段相互開放下列港口：
大陸方面為六十三個港口，包括：丹東、大連、營口、唐山、錦州、秦皇島、天津、黃驊、威海、煙臺、龍口、嵐山、日照、青島、連云港、大豐、上海、寧波、舟山、臺州、嘉興、溫州、福州、松下、寧德、泉州、肖厝、秀嶼、漳州、廈門、汕頭、潮州、惠州、蛇口、鹽田、赤灣、媽灣、虎門、廣州、珠海、茂名、湛江、北海、防城、欽州、海口、三亞、洋浦等四十八個海港，以及太倉、南通、張家港、江陰、揚(yáng)州、常熟、常州、泰州、鎮(zhèn)江、南京、蕪湖、馬鞍山、九江、武漢、城陵磯等十五個河港。
臺灣方面為十一個港口，包括：基隆（含臺北）、高雄（含安平）、臺中、花蓮、麥寮、布袋（先采專案方式辦理）等六個港口，以及金門料羅、水頭、馬祖福澳、白沙、澎湖馬公等五個“小三通”港口。
雙方同意視情增加開放港口。